Entre llargs passadissos i taules de laboratori, els investigadors del Centre Nacional de Microbiologia juguen a ‘On està Wally?’, però en lloc de buscar un personatge amb jersei de ratlles entre la multitud, tracten d’identificar a un bacteri: la Listèria monocytogenes.
Així descriu el seu treball Julio Vázquez, cap del Laboratori de Referència de Listèria, que persegueix a contrarellotge l’origen del brot de listeriosis des que va esclatar a Andalusia el mes d’agost passat. El bacteri ja ha afectat 214 persones i ha portat amb si 3 defuncions, segons dades del Ministeri de Sanitat.
De moment, els estudis apunten al fet que la font d’aquestes últimes intoxicacions ha estat el consum de carn entatxonada. “Cal buscar alguna característica especial en les mostres que hem rebut que ens permeti dir que el cep que està produint un cas a Sevilla és exactament igual que la que està produint un altre cas a Huelva. Això ens permetria delimitar el brot i trobar el seu origen”, explica l’expert.
El Centre Nacional de Microbiologia (CNM) a Majadahonda (Madrid) porta més de trenta anys analitzant diferents brots de listèria. En aquest camp, les tècniques de recerca han anat variant i el laboratori compta ara amb una de les més sofisticades: la seqüenciació massiva, un mètode que permet llegir la seqüència total de lletres que componen l’ADN d’un microorganisme, en aquest cas el bacteri Listèria monocytogenes.
“Aquesta tecnologia resulta particularment útil en l’estudi de malalties de transmissió alimentàries, ja que ens permet vincular d’una manera molt precisa diferents casos clínics amb una mateixa font d’intoxicació, mitjançant la comparació d’aquests genomes”, assenyala Raquel Abad, investigadora principal del brot de listèria i coordinadora del laboratori.
Amb aquestes tècniques ja han pogut seqüenciar un total de 172 aïllaments, gairebé tots procedents d’Andalusia. Els experts han pogut relacionar fins avui 144 casos clínics amb 13 aïllats alimentaris. “Això significa que el cep que han trobat tant en els pacients com en els aliments és la mateixa o està relacionada”, explica l’experta.
Tècniques informàtiques
Abans d’introduir tota la informació en la màquina de seqüenciació, els ceps passen per un procés de cultiu, amb l’objectiu d’obtenir una quantitat de material suficient per a fer l’anàlisi.
Una vegada conreades, s’extreuen fragments d’ADN i aquest és el que s’introdueix en l’equip de seqüenciació massiva, explica Ángel Zaballos, responsable de la Unitat de Genòmica de l’Institut de Recerca Carles III. Aquesta màquina és capaç de desxifrar les particularitats de cada gen.
“Es generen dades molt brutes. Són milions de trossets d’ADN –no l’ADN complet- i aquests cal ajuntar-los en una sola peça més gran, que és el genoma original del bacteri”, explica a Sinc l’expert mentre treballa amb el seqüenciador.
Aquest equip pot analitzar fins a cent mostres alhora i triga 29 hores amb cadascuna d’elles, però el coll d’ampolla del procés es dóna en l’anàlisi posterior, segons indica Jesús Oteo, director del CNM.
Una anàlisi meticulosa
Realitzar l’anàlisi és com muntar un puzle: els investigadors han d’emplenar els buits que falten després de la seqüenciació, fixant-se en les dades que tenen al voltant i en les semblances que presenten.
Una vegada que ho finalitzen, es comparen amb la resta de ceps analitzats. D’aquesta manera comproven si un bacteri és el mateix que l’altre i si procedeixen d’una mateixa font d’infecció. “Quan es diferencien es poden establir relacions jeràrquiques. Som capaços d’esbrinar l’origen perquè sabem que aquesta mostra s’assembla a aquesta altra”, explica Vázquez.
“Tot aquest procés té una durada d’una setmana aproximadament”, explica Vázquez, encara que Abad afegeix que normalment és més.
Aquest equip de seqüenciació es va incorporar el 2017, però el laboratori tenia ja una base de dades des de 2015 amb més de 700 ceps seqüenciats, la majoria d’elles procedents de pacients.
La base de dades del Laboratori de Listèria està també dipositada en el Centre Europeu per al Control de Malalties Infeccioses. Així, quan aquest centre activa una alerta, la resta de països comparen les seves seqüències.
Normalment reben entre 200 i 300 mostres anuals de *listèria, un bacteri que afecta cada any a més persones a la Unió Europea i que el 2017 va tenir una taxa de mortalitat del 13,8%.
Un bacteri ubic i poc virulent
No obstant això, Julio Vázquez aclareix que la listèria no és un bacteri especialment virulent. “Se situa en tots els tipus d’ecosistemes. Però quan algú que té alguna patologia prèvia, o embarassades tenen contacte amb la listèria, aquesta aprofita aquesta baixada de defenses per a produir la patologia”, assenyala.
El que va poder provocar aquestes intoxicacions va ser la quantitat de listèria que hi havia en la carn entatxonada, segons va explicar Julio Vázquez davant als dubtes que existien entorn de l’origen del brot. “L’única via de transmissió és el consum de l’aliment contaminat”, insisteix l’expert.
Fins ara només s’han analitzat mostres de carn entatxonada de la marca La Mechá, i ja s’estan estudiant els aïllaments d’altres aliments. Els investigadors expliquen que hauran d’esperar fins que es tanqui definitivament el brot per a poder donar un informe amb els resultats.
